沈贵平局长，全面负责南京海事局行政、业务工作，分管人事、外事工作。

张奇南书记兼副局长，主持南京海事局党委工作；主管党群工作部（组织部）以及工会、团委工作。协助局长分管装备与信息处。

王益鸣副书记兼纪委书记，协助党委书记开展工作，分管纪检、保密工作。协助局长分管人教处、督察处。

蒋永龙副局长，协助局长分管财务处、指挥中心、搜救办、执法支队。

周建华副局长，协助局长分管办公室、监管处、政务中心。