2008年7月1日，旧版《船舶签证簿》全部停用，随着新版《船舶签证簿》的正式启用，将有利于海事管理机构规范船舶签证管理，依法履行职责，推进海事诚信管理，引导船舶自觉遵守海事法律、法规，同时对推广海事电子政务，推进先进科技手段在海事管理中的应用，提高工作效率，适应社会主义市场经济和航运经济的发展起到了推进作用。

《中华人民共和国船舶签证管理规则》对短期、定期船舶签证的适用船舶种类、适用航线、定期签证办理模式进行了大幅度的调整，尽量使定期签证适用于所有船舶、各种航线，简化程序，降低难度，便利船舶申请定期签证，提高工作效率。规则中新建的船舶报告制度是本次修订的一个创新，船舶进出港口可以通过电话、传真等有效的方式向海事管理机构进行报告。进港已经报告的船舶，进出港手续可以一起办理，其目的是简化手续、方便船舶，也提高海事管理机构工作效率，同时海事管理机构可以及时、准确掌握船舶动态，提前安排海事监督管理工作。

由于很多船员对如何正确填写新版《船舶签证簿》还弄不清楚，南京海事局做好换用新证期间的指导和服务工作。南京海事局政务中心制作了《航次船舶签证申请单》填写样本，置于签证大厅窗口前让船员借鉴，同时安排执法人员在签证大厅专门指导船员填写新版《船舶签证簿》。截止7月2日，南京海事局政务中心为进出港船舶发放了五百余本《船舶签证簿》。